皇太极即位后，继续大规模对外扩张，先后通过三征林丹汗、两征朝鲜的军事行动，控制了漠南蒙古，臣服了朝鲜半岛，对大明帝国形成了居高临下的有利态势。

公元1626年，后金开国之君努尔哈赤在攻打辽西走廊上的重镇宁远的战役（宁远之战）中被明军大炮击伤，之后引起并发症去世，努尔哈赤第八子皇太极继承汗位成为后金新的主人皇太极即位后，继续大规模对外扩张，先后通过三征林丹汗、两征朝鲜的军事行动，控制了漠南蒙古，臣服了朝鲜半岛，对大明帝国形成了居高临下的有利态势。

公元1636年，皇太极正式将国号“金”（后金）改为“清”，族名女真也改为满洲，大清帝国（亦称之为满清）登上历史舞台，这也预示着皇太极取代大明帝国的野望呼之欲出

明清战争也因此进入了一个新的阶段，无论是规模上还是烈度上都比努尔哈赤时代更甚新的形势也倒逼皇太极做出新的改变，特别是军事政治制度的改变，随着战争规模的增大，原有的满洲八旗包括蒙古八旗的兵力已经无法满足皇太极的战略需求，于是皇太极一改此前努尔哈赤提防汉人的政策，开始仿照满洲八旗、蒙古八旗，在辽东地区招募汉兵以及从归降的明军旧部中拣选精壮者组建汉军八旗。

1642年，汉军八旗正式成军，初始员额33000人起初，汉军八旗作为满洲八旗和蒙古八旗的补充，地位也比前者要低，但因为辽东战场清军在明军的火炮上吃了大亏，于是皇太极在得到孔有德、尚可喜、耿仲明等携带明军火炮技术的明朝降军后，迅速将其吸收入汉军八旗，并以此为基础组建清军自己的重炮部队，取名“乌镇超哈”。

此后，他们成为了清军攻打明军城池的“撒手锏”，并且由此形成了满洲八旗主打阵地战、蒙古八旗主打运动战、汉军八旗主打攻坚战的格局，三者相互配合，分工明确，为大清帝国入主中原奠定了军事基础

公元1644年，清军入关，随着清军不断深入内地，兵力不足的问题开始凸显，清廷遂大量扩充汉军八旗的规模，兵力一度超过了10万人，超过了满洲八旗和蒙古八旗后来清军在西南山地陷入与南明抵抗军的持久战，而满洲八旗和蒙古八旗的士兵主要来自东北和蒙古草原，他们对山地战很不擅长，由此汉军八旗成为了剿灭南明军的主力。

再加上清廷在入关后不断招降纳叛，这些新归附的前明降军，很大一部分被编入汉军八旗（还有一部分则组建了绿营兵），使得汉军八旗的实力更加强悍由此也衍生了许多汉军八旗世家，如如李永芳、范文程、佟养性、石廷柱、尚可喜、耿仲明、沈志祥、蔡士英、王世选等汉军八旗八大世家。

这些人在满清征服中原时发挥的作用是不言而喻的

汉军八旗同时也是清廷的一个重要的统战工具，当时清廷大量吸收汉人中的优秀分子加入汉军八旗使其成为满清的“皇协军”，如洪承畴、范文程这些元老级“汉奸”，以及左良玉的儿子左梦庚、明朝开国功臣徐达的后裔、抗清名将李定国的后裔、郑成功的孙子郑克爽，甚至还有反清组织天地会总舵主陈近南的儿子陈梦球等等。

这些人一旦加入汉军八旗就相当于纳入了满清的统治阶层，曾经大清的宿敌成为大清的“皇协军”，汉军八旗制度可见真是有两把刷子的汉军八旗也是名将辈出，雍正年间平定青海罗布藏丹津叛乱的清军主将年羹尧就出自汉军八旗系统，有清一代，汉军八旗的官兵们和广大清军将士一样，为大清帝国开疆拓土立下了赫赫战功。

太平天国战争后，大清帝国的军界主流从八旗军和绿营兵转为湘军和淮军，汉军八旗也逐渐淡出历史舞台清末新政期间，摄政王载沣试图从满、汉、蒙八旗中拣选精壮编练皇室直辖的禁卫军，但却几乎找不到可以当壮丁的汉军旗人，清廷不得不在直隶（河北、北京、天津一带）的汉人子弟中招募精壮充数，可见此时的汉军八旗已经是名存实亡。

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