萌学园故事发生在一个架空的虚构魔法世界。高中生蓝宝与坚尼求学不顺，在某天收到了来自一所名为萌学园学院的入学通知书。疑惑的两人于是走进通知书指定的

萌学园故事发生在一个架空的虚构魔法世界高中生蓝宝与坚尼求学不顺，在某天收到了来自一所名为萌学园学院的入学通知书疑惑的两人于是走进通知书指定的电话亭中，顿时一阵烟雾喷起，魔法电话亭便将两人送往这所与外界完全隔离的萌学园。

原来在这个魔法世界中存在许多不同的种族，来自夸克星球的夸克族人长久以来一直被暗黑势力侵扰着夸克族于是与其他族联手建立了萌学园，并在这所萌学园外设立结界，不让暗黑势力入侵，以此保护学生并训练大家的魔法

坚尼与蓝宝来到校园后明显感受到学校风气的不同，起初格格不入的两人在校园内并不受欢迎，但蓝宝与坚尼互相依靠还是待了下来。而坚尼与蓝宝第一位认识的朋友是言行举止高冷，实则拥有铁石心肠的女同学奈亚公主。

个性冲动的坚尼在与奈亚刚见面时就发生多次争吵，还意外害奈亚珍贵的项链落入下水道中为了负责坚尼不听劝，只身闯入被学校视为禁区的下水道寻找项链奈亚为了劝回坚尼也跟着进入，却不慎被下水道里的魔性毒藤蔓所伤，晕了过去。

为了解救奈亚，与奈亚交往着的学生会长艾瑞克再次与坚尼回到下水道寻找毒藤蔓的果实解毒过程中坚尼见识到了艾瑞克独特的催眠术魔法，也意外发现自己拥有火的魔法能力两人互相合作，摘取果实后一同击退来偷袭的暗黑势力，顺利回到校园中解救了奈亚。

奈亚公主也在这过程中发现这两位新生其实都很善良，也渐渐接纳了蓝宝与坚尼不过在他们入学后萌学园确实怪事四起，奈亚公主才刚被解救，科学教室就莫名被人纵火，夜晚的校园里更是开始发生无差别攻击事件，一切迹象皆表明暗黑势力已入侵校园。

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